一、試劑驅動系統：采用氣體及電磁閥驅動液體試劑時，需首先將管路系統電磁閥前段，含試劑瓶組中壓力加壓到規定氣壓，通過合成管理軟件或手動打開電磁閥(一般打開時間為數ms)，即可驅動液體試劑到所需的合成柱中。
 

　　二、試劑和堿基瓶組：每種儀器一般都多設置1-2個試劑瓶位，用于特殊產物的合成。堿基瓶組一般最少為4個標準堿基(A/C/G/T),同時搭配2-多個特殊堿基瓶位，用于熒光標記等合成。
 

　　三、壓力管路及輸送管路：每個瓶子都有一個氬氣壓力管道及輸送管道進入瓶蓋插塞，對于亞磷酰胺，1—8號瓶其壓力管道也作為排氣管。氬氣管要保持在液體水平以上，而輸送管卻伸到瓶的底部。當閥門正確設置打開時，儲液瓶上部空間由氬氣加壓，液體被推進輸送管，流到其目的地。
 

　　四、輸送電磁閥：當有多個活化柱時，對流速的細微變化，以自動調節每個柱子的輸送次數來補償。每一個5—端口柱閥塊將流出物導入廢液口、DMT收集口，或DNA收集瓶，它也控制用于除去或沖洗柱內和柱閥塊內的試劑的氬氣。
 

　　五、輔助真空：每次電磁閥打開時，抽氣泵為每個閥塊提供了輔助真空，輔助真空在隔膜的螺線管一側形成，使隔膜形成一圓頂空隙。
 

　　六、路節流閥：試劑通過底部的luer接頭，流到柱子，如果沒擰上下面的一個luer接頭，應會在一個圓柱形的玻璃流路節流閥上發現。試劑通過流路節流閥中一個很小的通道流到柱子。小量的試劑可以在流路節流閥中結晶，長期這樣會造成流路阻塞。
 

　　七、電導池：電導流動池是為了測定在每個DNA合成循環內釋放的DMT陽離子的總電導而設計的。流動池是由一空隙隔開的兩個電極組成，在空隙之間應用一小電壓。DMT陽離子流過電導池時起電導作用。
 

　　八、控制器：軟件儲存在一個可取出的存儲卡中，這個存儲卡插在儀器的背面。合成信息顯示在液晶顯示屏上，通過選擇鍵板上的鍵可與儀器交流。軟件是“菜單驅動”，通過按適當的鍵，可選擇一項，給予指令。為了完成自動合成，軟件應用一個包含一系列步驟的循環來完成全部化學反應。